Данный анализ является микробиологическим исследованием, которое позволяет определить качественный и количественный состав микрофлоры кишечника и его нарушения, дисбактериоз, а также патогенную флору. В ходе исследования также определяется чувствительность патогенных и условно-патогенных микроорганизмов, обнаруженных в результате посева, к антимикробным препаратам, таким как антибиотики и бактериофаги. Используют анализ в ходе диагностики диареи, ассоциированной с приемом антибиотиков, диагностирования дисбактериоза кишечника, а также для подбора подходящей антимикробной терапии, оценки эффективности течения дисбактериоза кишечника. Показаниями для его проведения являются длительные кишечные инфекции, возбудитель которых не установлен, аллергические реакции, плохо реагирующие на лечение, а также хронические гнойные инфекции. Исследование необходимо и пациентам, которые длительное время проходили лечение с применением антибиотиков, иммунодепрессантов, химиотерапевтических препаратов, глюкокортикостероидов. Также оно является частью подготовки к операции лиц с предрасположенностью к дисбактериозу кишечника и обследования пациентов, которые длительное время не могут выздороветь после острых кишечных инфекций, а также пациентов, подвергшихся ионизирующей радиации или воздействию химических веществ.